| 1956年 | 学会の設立,会報の刊行 |
| 1957年 | フォーレー(観察会)の開始 |
| 1964年 | 国際微生物生物学連合協会(IAMS)への登録 |
| 1966年 | 創立10周年記念号の発刊 |
| 1971年 | 第1回国際菌学会議(英国)に学会として参加 |
| 1971年 | 国際菌学会(IMA)への登録 |
| 1973年 | 文部省の学術刊行物補助費の交付開始 |
| 1974年 | 会長・(副会長)・理事・評議員制の導入 |
| 1976年 | 日本微生物学協会への加盟 |
| 1977年 | 創立20周年記念号の発刊 |
| 1982年 | 微生物学研究連絡会議(日本学術会議)への登録 |
| 1983年 | 第3回国際菌学会議が東京開催(日本菌学会主催) |
| 1986年 | 支部規定の施行,東北支部の設立 |
| 1987年 | 関東支部の設立 |
| 1990年 | 西日本支部の設立,第1回菌学研究奨励賞受賞者の決定 |
| 1994年 | 英文誌(Mycoscience)と和文誌への分離刊行 |
| 1996年 | 菌学用語集の出版・配布 |
| 1999年 | Mycoscienceの隔月発行 |
| 2001年 | 平塚賞の創設 |
| 2002年 | Mycoscienceの編集・出版事務をSpringer社へ委託 |
| 2005年 | 日米菌学会合同大会(ハワイ大会) |
| 2013年 | Mycoscienceの編集・出版事務をElsevier社へ委託 |
| 2016年 | 日本菌学会会報をJ-Stage上で公開 |
| 2017年 | 一般社団法人化 |
| 2021年 | Mycoscienceの編集・出版事務を日本菌学会でおこない,オンラインオープンアクセスジャーナルとしてJ-STAGE上で発刊 |