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一般社団法人 日本菌学会 - The Mycological Society of Japan

日本産菌類のチェックリスト(日本産菌類集覧データベース)

日本産菌類集覧データベース

日本産菌類集覧データベース (~2008年)(Excelファイル)

日本産菌類集覧データベース公開にあたって

2018年8月5日
日本菌学会データベース委員会

本データは,勝本(2010)[日本産菌類集覧.日本菌学会関東支部pp.1177.]を元に,以下のデータ項目(フィールド)をデジタル化したものである.データ項目の設定は,生物多様性情報の世界標準であるダーウィンコア(Darwin Core [DwC],http://www.gbif.jp/v2/datause/data_format/index.html)を意識し,互換性に配慮した.

  1. データ項目
    • ID
    • 学名(著者名を除く)[DwCのscientificNameにほぼ相当(生物多様性情報学の分野では,時としてCanonical Nameと呼ばれる.例えば,http://globalnames.org/docs/glossary/参照)]
    • ホスト[DwCのassociatedTaxaに相当する.ハビタットを含む]
    • 病名
    • ステージ(サビキン類における生活史のステージ)
    • ページ 勝本(2010)における掲載ページ
    • 属名[DwCのgenusに相当]
    • 種小名[DwCのspecificEpithetに相当]
    • 種内ランク1
    • 種内ランク1種小名
    • 種内ランク2
    • 種内ランク2種小名
    • 同定確度[DwCのidentificationQualifierに相当](“?”,”cf.”,”aff.”などの情報を記入)
    • タクソンランク[DwCのtaxonRankに相当]
    • 異名(異名であるかどうか.与えられた学名が他の学名の異名にはSynと入力)
    • 備考
  2. 学名の変更・修正
    • 以下の学名については,Index Fungorum(http://www.indexfungorum.org/names/names.asp)に従い,学名を修正した.
      ページ
      6Acremonium cavaraearumAcremonium cavaraeanum
      124Candida pelliculosa var. periculosaCandida pelliculosa var. pelliculosa
      129Carpenteles javanicaCarpenteles javanicum
      129Carpenteles parvaCarpenteles parvum
      186Coccoidae tsurudaeCoccoidea tsurudae
      747Plectosporium arismatisPlectosporium alismatis
      1045Verticillium alboatrumVerticillium albo-atrum
    • また,デジタル化にあたり,学名の誤記を修正するとともに,変則的なものについては,以下のように扱った.
      ページ 対象 対応
      8Acrogenospora state of Farlowiella carmichaaelianaFarlowiella carmichaaelianaとして扱う
      38Anthracoidea onumae var. "nov"そのまま表記.Infraepithetは空欄.TaxonRankはvarietas
      213-222Cordyceps paradoxa f. in Shimizu ["f.sp."]など,“f. in Shimizu ["f.sp."]”の表記があるものTaxon Rankは,formaとして扱い,種内のepithetは種のepithetと同一とした
      251Cylindrophoma "hennebergii"同上.TaxonRankはspecies
      331-332Erysiphe sp. [E. polygoni type]およびErysiphe sp. [E. cichoracearum type]はいずれもそのように記載しtaxonRankを属レベルとした学名は左記の通りとし,Specific epithetを空欄とし,TaxonRankをspeciesとした
      358Fusarium roseum "Graminearum", "Culmorum", "Avenaceum"はTaxon Rankは,いずれもforma specialisとして扱った
      802Pteroconium state of Apiospora camptosporaApiospora camptosporaとして扱う
      1000Trichophyton purpureum var. Ⅱ,Schizosaccharomyces pombe var. iotoensis Iなど,正規のepithetがないものTaxon Rankは,varietasとし,epithetには原典に従い,記号を記入した(左の例ではIIあるいはI)
      730Phylosticta selosae [in error] 採録せず
      450Hysteriopsis "theae"SpecificEpithetには””を入れずに収載した.
      450Hysteriopsis "theae"同上.TaxonRankはspecies
      495Lenzites "lepideus"同上.TaxonRankはspecies
      613Oidium albicans var. in M.Hasegawaそのまま表記.Infraepithetは空欄.TaxonRankはvarietas
      730Phyllosticta "senecionis"同上.TaxonRankはspecies
      922Sordaria "podospora"同上.TaxonRankはspecies
      複数ページ正規の分類ランクではないαやβやγやδの扱い学名は原典通りとし,TaxonRankにはvarietas in alpha., varietas in betaなどを記載
      複数ページ[Genus名] sp.TaxonRankをgenusとし,Species Epithetを空欄とした

【注意】

  • 一つの菌に対して複数のホストがある場合,1つのデータ項目にすべてのデータを記入せず,個別のデータとした.つまり,一種が複数のホストをもつ場合,同一学名情報が繰り返されている.
  • 他の種のシノニムとして扱われている種も収載した.それらは「異名」の項目に「Syn」と記されている.
  • 日本菌学会データベース委員会は,日本産菌類のリストの作成に継続的に取り組んできた.勝本(2010)のデータのデジタル化は,著者の勝本先生ご自身の意図されたところでもあったが,もともとデータベース化を直接的に意図されていなかったため,そのデータベース化には多くの障害があった.この問題は完全に解決されたものではなく,この公開版にもまだ多くの間違いや不足データが存在する.しかしながら,日本の菌相を解明する上で基盤となる情報は,早めに公開し,間違いの修正に関しては継続的に取り組むべきであるとの考え方から,不完全であることを承知の上で,本データを公開することとした.データベース委員会としては,本データの利活用の過程で,さらなるデータ精度の向上がなされることを期待したい.
  • 記載事項に変更点がある場合は,その出典(訂正の根拠)を示して下記のフォーマットに合わせて訂正事項を明記してe-mailで担当者までお知らせください.なお出典は学術誌や書籍に限ります.
    _________________________
    出典
    ID
    現在
    訂正
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謝辞

本データベースのデジタル化と公開の許諾をされた日本菌学会関東支部に心より感謝申し上げます.

ライセンス

本データベースの使用にあたっては,クリエイティブコモンズ(https://creativecommons.jp/licenses/)のCC BY(原作者のクレジット(氏名,作品タイトルなど)を表示することを主な条件とし,改変はもちろん,営利目的での二次利用も許可される最も自由度の高いCCライセンス)に従い,以下のように引用をお願いします.

「日本産菌類集覧データベース」CC BY 4.0 日本菌学会データベース委員会